对于朱载坖的申斥，李如松自然是只能垂着头认命，朱载坖知道李如松自视甚高，但是这个参谋军务总署确实是很难干的，朱载坖对于参谋军务总署的要求是很高的，对上要贯彻皇帝和军机处的决心，将其变成具体的可以实施的战役方案，对下要随时接受官军各部所汇报的信息、军情等，及时作出相应的判断，同时形成相应的方案，供军机处和皇帝决策参考。

这次朱载坖对于参谋军务总署的表现是极为不满意的，参谋军务总署过于关注战术实施，而忽略了统筹战役实施这一参谋军务总署的核心职能，这是朱载坖所不能容忍的，指挥体系的建立和正常运转是需要各司其职的，而现在参谋军务总署显然没有摆正自己的地位。

朱载坖极为不悦的对李如松说道：“尔等为国筹谋，不是计较一兵一卒、一城一地之得失，而是统筹方面，务求必胜的！”

所以朱载坖要求李如松领导参谋军务总署重新进行谋划，以战役的组织实施作为主要的方向，完善战役规划和战役指挥，将战术指挥下放给前线诸将，不要再以一镇总兵或者提督的视角看问题了，而是要在战役层面看问题。

朝廷在积极筹谋的时候，马栋也已经赶赴交河，组织进行防御了，吴兑和马栋都很清楚，交河是现在整个西域的关键点，一旦有失，朱载坖是绝对不会饶恕自己的，所以务必要谨慎。

马栋虽然是马芳之子，但是相对平庸，用兵谨慎，这点也是吴兑用马栋的主要原因，其父马芳毕竟威名赫赫，在官军中既有威望，而马栋又相对谨慎，反正是打防御战，谨慎反而是好事。

马栋到了交河之后，首先就命令放弃所有屯田，给所有的卫所军士和军余发放武器，将他们武装起来，守卫交河以及交河诸卫的堡垒，同时派出尖哨，查探叶尔羌汗国军队的动向，马栋也深知水源在西域作战的重要性，之前的交河故城之所以卫放弃，主要就是因为河流改道，现在的交河新城就位于哈尔甘孜郭勒河旁，这样便于获取水源。

而马栋也对整个交河附近的水文进行了详尽的了解，交河附近有14条主要河流，其中发源于境内的河流有9条：大河沿河、塔尔朗河、煤窑沟河、黑沟、恰勒坎河；二塘沟、柯柯亚、坎尔其；柯尔碱沟，主要发源于北部天山山区；发源于境外的河流有5条白杨河、阿拉沟、鱼尔沟、乌斯通沟、祖鲁木图沟。吐鲁番盆地西、北部的中高山区，是河流的主要形成区，平原区降水极少，整个交河的水源，呈现出北多南少的情况。